一名男性尸体在丸之内西署管辖区内的东京车站花园内被发现.当地警视厅分局判断此事件非他杀,仅是一桩服毒自杀的普通案件.警视厅搜查一课管理官佐久晋吾觉得当地分局太草率决定接手调查此案.同时,搜查一课13系系长岛野诚,搜查一课13系刑事风间辉树,加藤善浩,太田文平,中藤卓等人来到丸之内西署并要求当地迅速成立搜查本部.调查期间本部虽受到地检特搜组的阻挠,但案件最终成功告破。
原法务大臣胁田圭作的妻子被杀.就此次案件搜查本部来到管辖区,佐久晋吾的做法跟话语激怒了管辖区的搜查员,管辖区署长决定不给本部提供任何线索,搜查遇到了阻碍.由于管辖区署长发话,搜查人员根本不配合本部的调查.搜查人员在工作中被佐久晋吾折服决定配合.此时旧浅草二丁目剧场内又发现了一具男性尸体.这意味着线索又多一个方向.最终佐久晋吾发挥才智让事件真相浮出水面。
千代田西的管辖区内,清洁工在树下发现一具男尸.这次案件依然是搜查本部负责.千代田西署刑事课长田村裕司却想要先搜查本部一步找到犯人.搜查期间,佐久晋吾遇到了以前刑事课朝比奈彻平,朝比奈说自己因为身体不好,一年前就自愿调到警务课了.但吃饭的时候佐久从店长那里得知朝比奈并非因为身体的原因才被调动的.这一问竟牵扯出一年前的旧案及其隐藏在背后的天大秘密,案件的真相渐渐浮出水面。
一名年轻女子惨死在公寓中.与以往地区的警署态度不同,当地管辖区北品川署派人到本部指名邀请佐久晋吾前往受理此次案件,他们有着自己的"秘密"计划.正当本部搜查员进行调查时,另一名女性被发现死在家中,案发现场与前一名女子很相似.佐久观察到一些小细节,细微的发现很快把嫌疑人锁定.警署里嫌疑人很快承认罪行.正当搜查员们以为案件结案的时候,佐久却发现两件案件的凶手并非同一人,最终阻止了另一名犯人逍遥法外。
特莱维连锁食堂的社长老夫妇在家中被杀害.中野中央警署署长想在开会前推敲一下搜查方案,佐久觉得没必要,就在会议中直接分了两个调查小组分别以不同理念调查,惹得当地搜查员不满以至于搜查员工作不积极.二次搜查会议中,佐久的语言激怒了署长致其愤然摔桌离席,佐久四面楚歌.中央警署署长宣布此次案件以嫌疑犯死亡而结案.最后,佐久晋吾使用苦肉计把真正犯人逼了出来。
西新宿发生一起重大纵火案,火灾致百货店长志万屋的职员百濑健三死亡.这一次,公正交易委员会警察署生活安全部也参与此次案件.搜查前会议中,佐久一反常态,居然让组里的岛野组长到中井手下做支援.一场委员会犯则审查部副管理官中井则行与搜查本部管理官佐久晋吾之间的对决就此展开.委员会的职员一直向搜查本部施加压力,本部的搜查工作一直没进展.新闻头条爆出委员会辛苦搜集的情报.中井大怒,怀疑有内奸,但本部的搜查因此有了新的进展,最终使案件水落石出。
一处工地施工的时候挖出一具骷髅,被害者为西崎隆治.本部锁定此案的嫌疑人为仲正利树.但此人已移籍congas共和国,改名为帕克·斯卡路纳并被授予伯爵.岛野去了一趟congas大使馆,但无功而返.之后外务省派人来告知搜查本部说他们被congas大馆投诉了.想要逮捕仲正唯一的方法就是进行DNA鉴定,证明帕克·斯卡路纳和仲正利树是同一人.随后本部搜查时发现仲正与一家儿童护养院有密切关系,便率领团队潜入护养院搜查相关证据.最终佐久完成DNA的鉴定,使得仲正利树招供。
网上有人发表了关于半年前发生的女研究员被害案的留言.佐久晋吾决定对此案进行二次搜查.岛野一行人来到目黑东警察署来搜集半年前当地警署调查的信息.正当打听之时,佐久晋吾进来要求当地警官销毁当年作的嫌疑人画像.搜查员找到当时的目击证人询问,得到的证词却含糊不清.随案件的重新调查,搜查组发现日出造船每个月都会向研究院教授関田的妻子账户上打入巨额钱款.佐久来到日出造船询问,一位职员突然冲出来说出自己知道的情况.真相逐渐明朗化.佐久晋吾来到関田的实验室重现被害人遇害当天做实验的场景,逼出凶手。
大日本建设业务课长泽村和也飘尸富士泽湖.佐久晋吾一行人来到死者家中搜集信息.众多物品中一枚戒指引起了佐久的注意.佐久拿着钻戒来到死者公司询问其未婚妻吉崎仁美,女子说戒指并非她所有.佐久看着戒指想到十年前的抢劫杀人案,遇害为大日本建筑公司小原会长的妻儿.佐久找到小原会长询问戒指的事.因牵扯到十年前的旧案,刑事部长把佐久从搜查本部调到了湖玉署.调职不久,司机屋敷突然找到佐久并协助其调查泽村一案,并寄了一封信给小原会长.随后湖玉署因小原会长挟持人质请求刑事部成立紧急专案组.一场挟持人质的戏把真相演了出来。
